公式のヘルプが更新されたようで以下の手順が公開されました。

PlayStationR3/PlayStationR4版をディスクありでプレイしています。ディスクなしでプレイするにはどうすればいいですか?
http://support.jp.square-enix.com/faqarticle.php?id=5381&la=0&kid=72768  

1. 現在インストールされているFF14をアンインストール
2. PS StoreからFF14フリートライアル版をダウンロードしてインストール
 (ダウンロードに1時間、インストールとアップデートに約2時間前後かかります)

これだけで面倒なディスク入れ替えが不要となります。
もしかしたらホットバーの設定やマクロが消えたりしないかなと思いましたが
試しにやってみたところホットバーの設定やマクロもそのまま残っていました。

パッケージ版FF14やってる人は自己責任でお試しください!