いろいろやっていてとりあえず原因を解明したのでもし参考になればと思い
記載しておきます。

Windows 10を最新のアップデート ビルド10586を適用した所、実行ファイル(とそのショートカッ)を
右クリックすると画面が一瞬消えてまた復帰するという謎現象が起きるようになりました。

ディスプレイ周りの表示がおかしいので単純にディスプレイドライバとの相性かと思い
うちではGEFORCE GTX 970を使用しているのでNVIDIAのGEFORCEドライバかと
思いドライバを古いものから片っ端に試してみたところどうやら正解でした。

GEFORCE GAME DRIVER 355.98まで落とした所、右クリックでの画面チラつきが
なくなったので同症状が出た方は以下のドライバを試すと良いかもしれません。

Windows10 64bit版
http://jp.download.nvidia.com/Windows/355.98/355.98-desktop-win10-64bit-international-whql.exe

Windows10 32bit版
http://jp.download.nvidia.com/Windows/355.98/355.98-desktop-win10-32bit-international-whql.exe   

お試しあれ